Der er mere end 100 søer i Gladsaxe Kommune. Bagsværd Sø er langt den største, hvorfor den er særlig vigtig for både natur og rekreation, men alle søer bidrager til kommunens naturindhold. Mange af søerne er udpeget som naturbeskyttede i henhold til naturbeskyttelseslovens § 3.
Der er kun få vandløb i Gladsaxe Kommune. De ligger generelt i eller lige omkring kommunegrænsen, da vandløb traditionelt har været brugt som naturlige skel. Tibberup Å og Mølleåen er beskyttede vandløb.
Kagså og Tibberup Å tegner f.eks. en del af kommunegrænsen til Herlev.
Der gælder følgende retningslinjer for anvendelsen af søer og vandløb:
- De naturmæssige og rekreative værdier for søer og vandløb skal fortsat styrkes og udbygges.
- På Bagsværd Sø skal både elite- og fritidsrosporten sikres ordentlige forhold med respekt for områdets naturmæssige og rekreative værdier.
- De rekreative og naturmæssige tiltag på arealerne omkring Bagsværd Sø skal forbedres for at sikre flere tilbud for alle brugerne af området og give bedre adgang til aktiviteter på søen.
- Der kan ikke ske badning i Bagsværd Sø.